Kada se govori o porijeklu imena današnje Fojnice, postoji više suprostavljenih mišljenja koja se uglavnom mogu klasificirati u dvije, međusobno isključujuće, skupine:
1. jedni su oni koji savremeni naziv Fojnice etimološki vezuju za određene antičke toponime uobičajene u mediteranskom bazenu kod Rimljana, Grka ili Feničana: Phoenice, Phoinike, Phoinikus, Phoenicon, Phoiniks, Phoenikus.
Kod većine ovih naziva, početna glasovna skupina “ph” obično daje vrijednost našeg glasa “f”;
2. drugi su opet oni koji nastanak imena srednjovjekovnog grada Hvojnica vezuju za praslavensku riječ “hvoja”. Prihvatanjem ove teze, eliminiše se priča o antičkom porijeklu i dvomilenijskom historijskom kontinuitetu imena Fojnice.
Riječ “hvoja”, u različitim varijantama značenja, prisutna je u većini slavenskih jezika i u osnovi se vezuje za drvo ili za imenicu šuma. Hvoja je narodno ime za vrstu bora (Pinus sylvestris); hvoja je grana, grančica ili iver; i hvoja je i šuma.
Put od Hvojnice do Fojnice u vezi je sa uobičajenom transformacijom u našem svakodnevnom govoru glasovne skupine “hv” u glas “f”; hvala = fala, hvatati = fatati, itd.
Prema dostupnim informacijama, čak tri mjesta u Bosni i Hercegovini nose naziv Fojnica: Fojnica kod Gacka, Fojnica kod Maglaja i naša Fojnica.